合作医疗和医保的区别是：合作医疗是福利性质的医疗制度，医保是满足基本医疗需求的社会保险制度；合作医疗缴费较低、由参保人负担全部费用，医保缴费较高、由职工和公司共同承担。
《社保法》第二十三条，职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。 无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。